这个改革的后果，首先是架空了首辅的职权。
首辅没有权威性和影响力，阁臣各自对皇帝负责，内阁便无法形成一个权威的议政决策中心。
其次，削弱了内阁的作用，使内阁难以成为国家事务管理的中枢。
这项改革直接导致朝政的混乱，国家大事无人牵头、无人负责。
朱由检实现权力:是以破坏固有的权力运行机制、制度为代价的。
但是，他在破坏旧制度的同时，并没有建立起新的、科学有效的新制度，最终必然导致朝纲的混乱和朝廷的空转。能力也不行。
要是和朱元璋一样废除丞相之后还能一个人做好也行。
听到萧峰说的这些，朱元璋和朱棣都是一脸无语。
这种折腾程度，在大明历代皇帝里面都是独一份。
偏听偏信，刚愎自用
由于自身知识见解有限，朱由检对于他人之言之行，往往难以辨别忠奸和真伪。
特别在用人问题上，朱由检表现得首鼠两端，摇摆不定。
一方面，他多疑敏感，刚愎自用，很难相信人，许多合理的意见和建议都听不进去。
另一方面，他却偏听偏信，听取谗言，酿成大祸。
朱由检在清算魏党的同时，对东林党人信任有加，十分倚重。
下令为遭到魏党迫害的东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。
崇祯元年底，内阁三位大臣全部是东林党。