王凌继续接话道：“咳，老夫以为世家中大部分人都还是忠于大魏的，就如同荀令君兄弟这般，只有很少的一部分才会如司马懿那般利欲熏心，不顾一切冒这天下之大不韪行此篡逆之事，丞相对世家的成见还是大了一些，老夫以为成大事者当不拘小节才是。”
曹爽开口道：“只要他们能够安分一些，大魏自是不会为难这些世家，但只怕有些人不够安分啊！”
建安九年（204年），曹操攻克邺城，领冀州牧。
有人对曹操说：“应该恢复古代的九州制，则冀州所制者广大，天下易服。”
曹操将要从之，荀彧劝道：“若依照九州制，则河东、冯翊、扶风、西河以及幽州、并州之地全部并入冀州，所夺占囊括的地方众多。之前您击破袁尚，擒审配，海内震动，人人害怕不能保住自己的地盘和兵众。
现在把这些地方并入冀州，就会导致人心紧张。
况且很多人在劝说关右诸将闭关自守；现在他们听到这个消息，肯定以为自己的地盘也会依次被夺。
一旦发生变乱，即使有守善之人，威迫之下也会为非作歹，那么袁尚得以宽限死期，袁谭也会心怀二意，刘表因此保守江、汉之间，天下就不那么容易平定了。
希望您迅速领兵先平定河北，然后修复旧都洛阳，南征荆州，指责刘表不向朝廷进贡，那么天下都了解您的心意，人人安心；等天下完全平定后，再商议恢复古制，这才符合国家长久的利益。”
曹操回信给荀彧说：“如果不是足下提醒，损失就大了！”于是搁置了九州制的计划。
当时，荀攸为曹操谋主，荀彧与荀攸分主内外，都是地位显贵。
荀彧将所赐之物皆散给族人和朋友，家无余财。曹操还将女儿（后为安阳公主）许荀彧长子荀恽为妻。
建安十年（205年），曹操平定河北，而高干举并州作乱。当时河东太守王邑被征，郡人卫固、范先请求留下王邑，暗中却与高干同谋。
曹操对荀彧说：“关西诸将，依靠险要和马匹，倘若受征必定作乱。张晟寇崤、渑之间，南通刘表，卫固等人又依赖张晟，我担心他们会成为大患。河东郡被山带河，四周经常发生变乱，是当今天下重要的一个地区。请您为我举荐一个像萧何、寇恂那样的人治理那里。”
荀彧说：“西平太守京兆杜畿，勇足以当难，智足以应变。”曹操遂让杜畿为河东太守。
杜畿到任后，平定叛乱，广施仁政，在任十六年，政绩获誉天下第一。
建安十二年（207年）三月，曹操上书称赞荀彧的功劳说：“从前袁绍侵略郊畿，大战于官渡。当时我军兵寡粮少，打算退回许县，就写信给荀彧商议，荀彧反对臣的意见，极力申述应当坚守的好处，提出进讨的方略，启发臣的思想，改变了臣错误的打算，才得以打败强敌，覆取其部众。