随同聂有一同前来伏波庙祭拜的众人也跟着将水囊倒空，又各自上前灌了些泉水在水囊之中，见天色还早，
聂有便继续在伏波庙中逛了逛，聂有望着那伏波庙的大殿道：“伏波将军一生南征北战，为东汉立下了赫赫战功，可惜最后还落得个含冤而死的下场，真是造化弄人、命运无常啊！”
光武帝建武十七年，马援被征入朝任虎贲中郎将。
维汜（曾蛊惑百姓，后被杀）的弟子李广纠集徒党，攻下皖城，杀皖侯刘闵，自称“南岳大帅”。
朝廷派谒者张宗率兵数千人讨伐，又被李广打败，于是派出马援。马援组织诸郡兵马一万余，击斩李广等人。
建武十八年（42年），马援率军到达浪泊，大破反军，斩首数千级，降者万余人。马援乘胜进击，在禁溪一带数败征侧，敌众四散奔逃。
建武十九年（43年）正月，马援斩杀征侧、征贰，传首洛阳。朝廷封马援为新息侯，食邑三千户。马援犒赏三军，大发感慨，三军将士齐呼万岁。
接着，马援率大小楼船两千多艘，战士两万多人，进击征侧余党都羊等，从无功一直打到巨风，斩俘五千多人，平定了岭南。
马援见西于县辖地辽阔，有三万二千多户，边远地方离治所一千多里，管理不便，就上书刘秀，请求将西于分成封溪、望海二县。
马援每到一处，都组织人力，为郡县修治城郭，并开渠引水，灌溉田地，便利百姓。
马援还参照汉代法律，对越律进行了整理，修正了越律与汉律相互矛盾的地方，并向当地人申明，以便约束。
从此之后，当地始终遵行马援所申法律，所谓“奉行马将军故事。”
建武二十年（44年），马援率部凯旋回京。刘秀赐马援兵车，朝见时位次九卿。
马援回到京城一个多月，正值匈奴、乌桓进犯扶风，马援见三辅地区受到侵掠、皇家陵园不能保全，就自愿请求率兵出征，刘秀同意了。
建武二十一年（45年），马援率领三千骑兵出高柳，先后巡行雁门、代郡、上谷等地。乌桓哨兵发现汉军到来，部众纷纷散去，马援无所得而还师。
马援曾经患病，而梁松前往看望，在床边向马援行礼，马援没有回礼。
梁松走后，马援的儿子说：“梁松是陛下的女婿，贵重朝廷，公卿以下莫不害怕，大人为何独不答礼他？”马援说：“我是梁松父亲的朋友，就算他显贵，怎能失掉长幼的辈份呢？”梁松因此记恨马援，这便是马援太过耿直，方才招致后面的祸事了。
建武二十四年（48年），南方武陵郡五溪蛮暴动，武威将军刘尚前去征剿，冒进深入，结果全军覆没。
马援时年六十二岁，请命南征。刘秀考虑他年事已高，而出征在外，亲冒矢石，军务烦剧，实非易事，没有答应他的请求。
马援当面向刘秀请战，说：“臣还能披甲上马。”刘秀让他试试，马援披甲持兵，飞身上马，手扶马鞍，四方顾盼，一时须发飘飘，神采飞扬，真可谓烈士暮年，老当益壮。
刘秀见马援豪气不除，雄心未已，很受感动，笑道：“这个老头好健康啊！”于是派马援率领中郎将马武、耿舒、刘匡、孙永等人率四万人远征武陵。
出征前，亲友来给马援送行。马援对老友谒者杜愔说：“我受国家厚恩，年龄紧迫余日已经不多，时常以不能死于国事而恐惧，现在获得出征机会，死了也心甘瞑目，害怕的是一些长者家儿或在左右，或参与后事，特别难以调遣，我独为此耿耿于心啊。”