就在四川裴家军如火如荼，一点点增加自己实力的时候，北方的大明迎来了一次重大的危机。
早在崇祯五年，蒙古风云变幻，科尔沁彻底投靠了皇太极，内喀尔喀五部全军覆没，察哈尔部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉两部被逼向皇太极投降，蒙古共主黄金家族的直属后裔，林丹汗在草原上陷入孤立无援的境地。
同时，由于还垂涎于右翼蒙古的势力，做着趁机歼灭右翼蒙古，借他们的人口与财富，恢复他蒙古共主的地位的美梦，于大明天启七年，林丹汗于是以察哈尔部八鄂托克之一的多罗特留守故地，率数万众西迁。
虽然此次西迁，收获颇丰，获得了右翼蒙古的人口与财务，但在草原上，林丹汗的名声一落千丈。蒙古是一个狼群，而狼群不需要一个只会逃窜的头狼作为他们的首领。
于是，等皇太极率军攻入察哈尔旧地，大批留在察哈尔的部落，根本没有进行反抗，便向皇太极献出了自己的忠诚。
崇祯四年，回过味的林丹汗恼羞成怒，亲自率军东征西拉木伦河，侵袭已降金的阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极自然不肯示弱，亲率两千名精锐骑兵赶来。
然而，来势汹汹的林丹汗，在关键时候却又怂了，赶在皇太极攻来之前，便已撤走。此外，他还杀了漠北外喀尔喀诸部派到右翼的使者，引起漠北诸部的恐慌。
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经此一战，皇太极彻底看穿了林丹汗的怯懦，无能以及贪鄙，于是起了彻底剿灭林丹汗，并吞草原之心。
崇祯六年，草原的风霜比往年足足早了一个月，归化城外原本简单的农业，颗粒无收，不仅如此，不知从哪兴起大疫，开始在草原上传播开来，蒙古诸部几入绝境，兵员减损严重。整个察哈尔，马匹仅剩四万，兵员不满五万。
皇太极敏锐察觉到这是一个机会。于是，在第二年，也就是崇祯五年，在西拉木伦河汇集科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉于西拉木伦河岸，总兵力约十万，挥师西进进攻林丹汗。
林丹汗再次不负众望，听到皇太极杀来的消息，拔腿就逃。这一次，觉得蒙古已经没有他的容身之所，于是他一路西逃，跨过明境，逃入青海，与前几天进入青海的却图汗挥师。这一路上，惶惶如丧家之犬，部众大多流落，就连自己的福晋也都在逃亡中失散。
皇太极一路势如破竹，穷追林丹汗四十一天，五月进驻归化城，追杀道黄河边缘，得知林丹汗已经逃入青海，这才带着大量缴获，人口，财务等撤了回去，此时已经是崇祯七年七月份。
然而，就在回去的路上，皇太极忽然调转方向，以明边将扰其境、杀其民、匿逃人为名，七月初八日入上方堡，进围宣府。十一日，崇祯紧急下诏由总兵官陈洪范据守居庸关，巡抚保定都御史丁魁楚等镇守紫荆、雁门。
十七日，京师戒严。二十六日，皇太极兵攻克保安，沿边诸城堡大多没有守备。八月，崇祯又分别派遣总兵官尤世威等支援边境。十五日，崇祯又下令宣大总督侍郎张宗衡节制各镇援兵。
然而，张宗衡得到圣旨之后，却不没有丝毫异动，反而将全部兵力汇之与怀仁城中闭门不出。至于怀仁城外则全都丢给了皇太极，任由他纵横驰骋。可怜百姓何其无辜，就这样被白白抛弃在胡尘之中，痛苦哀嚎，却又无人理会。
怀仁城中有人于心不忍，于是偷偷打开一条缝隙，希望能给百姓一条生路。谁知被张宗衡得知，勃然大怒，怒斥此人不顾大局，为小利而往大义，不将城外豺狼喂饱，这些豺狼则能心满意足离开？怀仁的局势如何得解？当场诛杀此人，以震慑众人。
皇太极在怀仁城下围城十余日，没有寻到丝毫破绽，于是调转方向，南下攻入灵丘，企图从紫金关攻入京师。
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灵邱知县蒋秉采募兵坚守，二十日不敌，被皇太极攻入城内。城中守备陆世奇，把总陈彦武、马如豸，典史张标，教谕路登甫，全部战死。城破后，知县蒋秉采自缢死，其家全家为国殉葬，远近震惊。