但陷入沉睡时的莱希拉姆却没想到，自己的决定让它成为了唯二幸存下来的宝可梦。
除了有一次被超魔神戏耍吵醒之外，莱希拉姆不知道沉睡了多少岁月。
待莱希拉姆再度苏醒时，是一个年轻的人类少女唤醒了它。
在莱希拉姆疑惑的表情下，人类少女道出了她的来历。
莱希拉姆以为少女是某种它所不认识的直立行走宝可梦，就像是烈焰猴那样。
少女却自称为人类，来自被风暴之壁隔绝的另一端，人类的大陆。
为了让一直沉睡没跟外界交流的莱希拉姆理解如今的状况，少女将一切从头讲起。
原来，做出了不让强大的宝可梦和孱弱的人类互相打扰决定的创世神在两块大陆的边缘设下了风暴之壁，人类和宝可梦也一直理所当然的认为那里就是世界的边缘，只有极少数的宝可梦知道真相。
时间之龙帝牙卢卡、空间之龙帕路奇亚便是知晓真相的两个个体，毕竟那风暴之壁中也融入了它们的力量。
在超魔神胡帕大闹一番后，创世神阿尔宙斯以它的全能之力的具象化，被称作生命之源的石板的力量制作出惩戒之壶，将超魔神胡帕的大部分力量封印，让它变成了惩戒形态并关入创世之谷。
等什么时候胡帕想明白自己哪里错了，它就能离开创世之谷。
做完这一切后，被吵醒的阿尔宙斯便继续陷入深深的沉睡，对它而言，创世后的大部分时间它都在沉睡，这次不过是胡帕的动静闹大了把它惊醒了罢了。
但胡帕被封印这件事却成为了一切爆发的导火索。
被宝可梦、人类的各种负面情绪吸引而来的黑暗物质闯入了这个世界，它是负能量的化身，世界的癌。
将一切都拖入黑暗后，黑暗物质就会以那个地方为根据地，开始侵入其他的世界。
不知是不是命运的恶作剧，黑暗物质刚好遇见了被封印在惩戒之壶内的胡帕恶念，与因为被阿尔宙斯封印起来而憎恨一切的胡帕恶念达成约定。
它帮胡帕恶念脱困并占据本体胡帕的身体，而胡帕恶念则要协助它进入人类的大陆。
那不知从何而来来的黑暗物质很清楚，人类产生的负面情绪数量是恐怖的，只要跨越风暴之壁，它就能以此作为基础壮大起来。
后面的事情便很简单了，胡帕恶念和黑暗物质互相利用，胡帕恶念脱困占据了在创世之谷被困住的胡帕本体的身体，取代了它，而黑暗物质则是如愿以偿来到了人类大陆，以负面情绪壮大了自己。
可胡帕恶念却没想到黑暗物质早已在它身上做了手脚，它变成了黑暗物质手下的第一号傀儡，以金色圆环的时空间之力不断传送宝可梦，让黑暗物质壮大了它的黑暗军队，把人类世界搅了个天翻地覆。
等镇守风暴之壁，身处各自空间的帕路奇亚和帝牙卢卡意识到时，黑暗物质已经将人类大陆化作一片废土，并来到宝可梦大陆占据了世界初始之树。
同时，因为传说精灵之间基本不会交流的原因，已经有不少传说精灵不慎被胡帕恶念传送，然后被强行拉入了黑暗，成为一具没有自我意识，只为黑暗物质征战的空壳。